Il Museo Naturalistico si trova all'interno del Centro Visitatori del Parco Nazionale del Circeo, in Via Carlo Alberto 188 a Sabaudia. Occupa una superficie di circa 350 metri quadrati ed è concepito soprattutto come struttura informativa e divulgativa, destinata a introdurre il visitatore ai valori ambientali, storici e archeostorici dell'area protetta e a orientarlo nella successiva visita del territorio.
Il percorso non è impostato come una tradizionale esposizione di collezioni scientifiche, ma utilizza allestimenti scenografici e interattivi che permettono di ascoltare, toccare, osservare e sperimentare. Diorami, video, postazioni tattili, campioni naturali, giochi interattivi e allestimenti tridimensionali raccontano i cinque principali ambienti tutelati dal Parco: la Duna costiera, il Promontorio del Circeo, le Zone Umide con i quattro laghi e le aree impaludate, la foresta planiziale e l'Isola di Zannone. Una sezione è dedicata anche al patrimonio archeostorico del territorio.
Tra gli allestimenti è presente una rappresentazione del sottosuolo e della sua fauna, con tane e ambienti riferiti a volpi, istrici, tassi, donnole, formiche e scorpioni. L'ambiente marino e l'Isola di Zannone sono raccontati anche attraverso un piccolo acquario. L'impostazione del museo è pensata per rendere la visita comprensibile e coinvolgente per adulti, bambini, studenti, famiglie e persone con difficoltà fisiche e psichiche.