Entre le Ve et le XIe siècle environ, l’agglomération romaine de Circeii fut abandonnée par la population locale, désormais peu nombreuse, qui s’installa surtout sur les pentes de la montagne, dans des habitats dispersés, le plus souvent de fortune, mais moins exposés aux attaques ennemies.
Bien que l’on ait reconnu de tout temps à la Rocca un rôle essentiel dans la défense de la côte et comme abri sûr pour les marins naviguant au large de la mer Tyrrhénienne – au point d’être citée sous le nom de Crique des Arabes dans le « Livre du roi Roger » rédigé en 1154 par le géographe arabe al-Idrisi –, elle n’entre officiellement dans les actes pontificaux qu’au tout début du XIIe siècle, lorsque le pape Pascal II (1099-1118) la confie à Hugues d’Alatri, cardinal des Douze-Apôtres.
Les documents médiévaux des XIe et XIIe siècles parlent vaguement de « Rocca de Circegio », « Rocca Circea », « locus qui vocatur Circellu », tandis que le nom de Castrum Sancti Felicis n’apparaît que plus tard, en 1259. Dans un acte d’échange de 1170 entre les Frangipane, seigneurs de Terracina, et Rainone de Tusculum, le territoire du Circeo commence à se dessiner et l’on distingue une petite agglomération dans notre village : outre la « Rocca de Circegio », il est fait mention du « tenimentum S. Felicis cum insula », une église avec ses dépendances (les insulae).
L’emplacement de la Rocca reste incertain, mais des études récentes suggèrent qu’au Moyen Âge la forteresse se dressait sur le point culminant de la montagne, sur les fondations de l’ancien lieu sacré dédié à Circé, hypothèse confirmée par la découverte sur place de vestiges du haut Moyen Âge.
Il fallut toutefois attendre la seconde moitié du XIIIe siècle pour la construction d’un véritable bourg fortifié ou castrum, lorsque la Rocca et la montagne entrèrent dans les possessions de la préceptorie romaine de Santa Maria sur l’Aventin, siège du maître provincial des Templiers d’Italie.
La présence des Templiers au Circeo se situe entre l’après-1239 et 1259. On leur doit le repeuplement de l’ancienne agglomération romaine de Circeii, la construction de la merveilleuse Tour qui domine encore de sa masse la piazza Vittorio Veneto, et la reconstruction des murs de fortification sur les vestiges romains, qui transformèrent la ville romaine en un château médiéval encore lisible aujourd’hui.
La muraille templière entoure le centre historique à l’ouest, près du Piazzale San Francesco, se poursuit au sud le long de la Via Gino Rossi dans le prolongement des Murs cyclopéens du VIe siècle av. J.-C., et à l’angle nord-est, près du jardin de Vigna la Corte.
Le tronçon de murs médiévaux du Piazzale San Francesco, certainement le mieux conservé, était doté à intervalles réguliers de deux demi-tours rectangulaires creuses, encore visibles, à côté desquelles se trouvaient les deux accès d’origine du bourg médiéval, aujourd’hui obstrués par des murages et des bâtiments modernes. Les angles de ces tours sont renforcés par des blocs de calcaire bien équarris. On voit encore un court segment de créneaux, dont le profil indique la hauteur d’origine, qui paraît aujourd’hui assez modeste en raison de l’important exhaussement du terrain alentour.
La technique est la même que celle de la Tour des Templiers : des blocs de calcaire disposés en assises irrégulières et ondulées, alternant tantôt avec des rangs de petites briques de remploi, tantôt avec des fragments de plaques de marbre. Cette irrégularité n’est pas constante tout le long des murs : elle caractérise surtout les côtés nord et ouest, tandis que du côté est, face à la mer, les assises sont presque rectilignes.